Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος περιλαμβάνει δύο κύκλους:
α) Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) και
β) Διδακτορικό Δίπλωμα (Δ.Δ.)

Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών περιλαμβάνει τις παρακάτω ειδικεύσεις:
Α. Στον κλάδο της Ιστορίας:
1. Αρχαία Ιστορία, 2. Βυζαντινή και Μεσαιωνική Ιστορία, 3. Νεότερη και Σύγχρονη Ελληνική και Παγκόσμια Ιστορία, 4. Ιστορία Χωρών Χερσονήσου του Αίμου –Τουρκολογία, 5. Λαογραφία και Κοινωνική Ανθρωπολογία.
Β. Στον κλάδο της Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης:
1. Προϊστορική Αρχαιολογία, 2. Κλασική Αρχαιολογία, 3. Βυζαντινή Αρχαιολογία, 4. Ιστορία της Τέχνης.

Για την απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος εγγράφονται οι κάτοχοι Μ.Δ.Ε. των Τμημάτων Ιστορίας και Αρχαιολογίας και όλων των άλλων Τμημάτων των ΑΕΙ της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής ύστερα από αίτησή τους και εφόσον έχει αναγνωρισθεί η ισοτιμία όλων των τίτλων σπουδών

Τα κριτήρια επιλογής είναι τα εξής:
α. O γενικός βαθμός του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης.Γίνονται δεκτοί οι κάτοχοι Μ.Δ.ΕΙΔ. με βαθμό 8 (οκτώ)-10 (δέκα).
β. Η αποδεδειγμένη γνώση τουλάχιστον δύο Ξένων Γλωσσών σχετικών με το γνωστικό αντικείμενο.
γ. Τυχόν ερευνητική και συγγραφική δραστηριότητα.
δ. Δύο συστατικές επιστολές από Καθηγητές σχετικούς με το γνωστικό αντικείμενο.
ε. Σύμφωνη γνώμη μέλους ΔΕΠ του Τμήματος που θα βεβαιώνει για ότι δέχεται την επίβλεψη της διδακτορικής διατριβής, η οποία θα συνοδεύεται από τεκμηριωμένη ερευνητική πρόταση του υποψηφίου.

Σε ορισμένες εξαιρετικές περιπτώσεις μπορεί να γίνονται δεκτοί για απόκτηση Δ.Δ. υποψήφιοι χωρίς Μ.Δ.Ε., εφόσον κριθεί ότι καλύπτουν τις προϋποθέσεις του Μ.Δ.Ε. με το ερευνητικό και επιστημονικό τους έργο. Η Συντονιστική Επιτροπή υποβάλλει αιτιολογημένη εισήγηση στην Γ.Σ.Ε.Σ. η οποία και αποφασίζει.
Οι ενδιαφερόμενοι θα υποβάλουν αίτηση, στην οποία θα αναφέρουν το γνωστικό αντικείμενο, στη Γραμματεία του Τμήματος από 1 έως 20 Φεβρουαρίου 2014.