Tο Τμήμα Ιστορίας και το Τμήμα Πληροφορικής του Ιονίου Πανεπιστημίου οργανώνουν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) από το ακαδημαϊκό έτος 2008-2009 με τίτλο «Ιστορική έρευνα, Διδακτική και Νέες τεχνολογίες».
Σκοπός είναι η παροχή μεταπτυχιακών σπουδών διεπιστημονικού χαρακτήρα στα σύγχρονα και ιστορικά ζητήματα, στις εφαρμογές στη Διδακτική με βάση τις νέες τεχνολογίες. Οι παραπάνω σπουδές διαμορφώνουν ειδικευμένους και εξειδικευμένους ιστορικούς ερευνητές και διδάκτορες της νεότερης και σύγχρονης ελληνικής και ευρωπαϊκής ιστορίας.
Το ΠΜΣ απονέμει: α) Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης με τίτλο «Ιστορικός ερευνητής με γνώσεις διδακτικής μεθοδολογίας και αξιοποίησης των νέων τεχνολογιών», β) Διδακτορικό Δίπλωμα στην νεότερη και σύγχρονη ελληνική και ευρωπαϊκή ιστορία.
Το Πρόγραμμα συνεργάζεται με το Ίδρυμα Μείζονος Ελληνισμού και με την Ελληνική Μαθηματική Εταιρεία.