Πλήρωση μίας (1) θέσης έκτακτου προσωπικού με εξειδίκευση στη Βιοπληροφορική ή συναφή αντικείμενα στο Πλαίσιο του προγράμματος με τίτλο «Βιοπληροφορική και Υπολογιστική Βιολογία με έμφαση στις εφαρμογές Γενωμικής» στο Ε.ΚΕ.Β.Ε. «Αλ. Φλέμιγκ».
Στο πλαίσιο της υλοποίησης του προγράμματος «Βιοπληροφορική και Υπολογιστική Βιολογία με έμφαση στις εφαρμογές Γενωμικής», που χρηματοδοτείται από δωρεά του Ιδρύματος Σταύρος Νιάρχος, το Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμιγκ» προτίθεται να απασχολήσει έκτακτο προσωπικό, με το οποίο θα συναφθεί σύμβαση εργασίας ορισμένου χρόνου ή μίσθωσης έργου και προσκαλεί φυσικά πρόσωπα να εκδηλώσουν το ενδιαφέρον τους για την ανάληψη του σχετικού έργου, σύμφωνα με τους όρους που αναφέρονται στη συνέχεια της παρούσας πρόσκλησης.
Στο πλαίσιο της παρούσας Πρόσκλησης προκηρύσσεται μία (1) θέση έκτακτου προσωπικού που θα απασχοληθεί στο Εργαστήριο του Δρ. Παναγιώτη Μούλου του EKEBE Φλέμιγκ μέσω σύναψης σύμβασης εργασίας ορισμένου χρόνου ή σύμβασης μίσθωσης έργου, στην οποία θα προσδιορίζεται η αποκλειστική απασχόληση στο πρόγραμμα.
ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ
Μία από τις πιο κοινές εφαρμογές της τεχνικής NGS είναι η ανίχνευση και χαρτογράφηση σημείων αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών και DNA (protein-DNA interactions) σε επίπεδο ολόκληρων γονιδιωμάτων (τεχνική ChIP-Seq). Αν και έχουν αφιερωθεί μεγάλες ερευνητικές προσπάθειες στην ανάπτυξη νέων μεθόδων για την ακριβέστερη ανίχνευση σημείων αλληλεπίδρασης από δεδομένα ChIP-Seq, αλλά και για την αξιολόγηση της απόδοσης υπαρχόντων εργαλείων, παρ’ολ’αυτά δεν έχουν γίνει επαρκείς προσπάθειες για το συστηματικό συνδυασμό ορισμένων από αυτά τα εργαλεία. Πρόσφατη εργασία (Μούλος και Χατζής, 2015) κατέδειξε ότι ο συνδυασμός υπαρχόντων στατιστικών αλγορίθμων ανάλυσης στην περίπτωση δεδομένων RNASeq με βάση τη στάθμιση των αποτελεσμάτων ανάλογα με την απόδοση του καθενός βελτιώνει τη συνολική ανίχνευση γονιδίων διαφορικής έκφρασης μειώνοντας τον αριθμό των συνολικά ψευδών αποτελεσμάτων και διατηρώντας τα αληθή. Η προσέγγιση αυτή υλοποιήθηκε στον αλγόριθμο PANDORA.
Σκοπός της εργασίας που θα εκτελεστεί είναι η επέκταση του αλγόριθμου PANDORA ώστε να προσεγγιστεί η ανίχνευση σημείων αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών και DNA με τo συστηματικό συνδυασμό υπαρχόντων εργαλείων στα πρότυπα του αλγορίθμου PANDORA. O επιτυχών υποψήφιος θα πρέπει να διαθέτει εμπειρία στη χρήση και ανάπτυξη βιοπληροφορικών εργαλείων για την ανάλυση δεδομένων NGS καθώς και το απαραίτητο στατιστικό υπόβαθρο προκειμένου να υλοποιηθεί η περιγραφείσα εργασία. Τα αναμενόμενα αποτελέσματα της εργασίας είναι: i) η μελέτη του συστηματικού συνδυασμού αλγορίθμων ανίχνευσης σημείων αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών και DNA, ii) η ανάπτυξη πιλοτικού λογισμικού που θα υλοποιεί τον παραπάνω συνδυασμό.
Απαιτούμενα προσόντα
– Πτυχίο Πληροφορικής/Επιστήμης Υπολογιστών ή Δίπλωμα Μηχανικού Υπολογιστών ή Πτυχίο Βιολογίας ή Δίπλωμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και συναφών αντικειμένων
– Μεταπτυχιακός τίτλος σπουδών (MSc) στη Βιοπληροφορική ή συναφούς αντικειμένου
– Εμπειρία σε τουλάχιστον μία (1) από τις ακόλουθες γλώσσες ανάλυσης δεδομένων: R, Python, MATLAB
– Εμπειρία εργασίας σε περιβάλλον γραμμής εντολών (command line) Linux, Unix
– Άριστη γνώση της Αγγλικής γλώσσας
