Την αντίθεσή της στις αλλαγές που επέρχονται στον ακαδημαϊκό χάρτη της Ανώτατης Εκπαίδευσης, από την μετατροπή των ΤΕΙ σε Πανεπιστήμια ή τη συγχώνευσή τους με αυτά, αποφάσισε η Σύγκλητος του Πανεπιστημίου Κρήτης. Η απόφαση πάρθηκε κατά πλειοψηφία με μια αρνητική και μια λευκή ψήφο.
Όπως αναφέρεται, οι διαδικασίες αυτές δεν βασίζονται σε ένα σαφές σχέδιο για τον ρόλο των ΤΕΙ ή των Πανεπιστημίων, τις ελλείψεις ή τις προοπτικές στην αγορά εργασίας, και κινδυνεύουν να εκφυλιστούν σε μια ονομαστική αναβάθμιση χωρίς ουσιαστικό αντίκρισμα.
Στην απόφαση της Συγκλήτου του Πανεπιστημίου Κρήτης αναφέρεται ακόμη: «Η ίδια η αρχή της συγχώνευσης φαίνεται να αμφισβητεί την χρησιμότητα της τεχνικής εκπαίδευσης και του ρόλου της στην οικονομία και την ανάπτυξη της χώρας όπου και όταν αποφασίζεται, πρέπει να βασίζεται σε ανοικτές κρίσεις ώστε να μην αποκλείονται νέοι πολύ αξιόλογοι επιστήμονες
Η διασπορά και η χωροταξική κατανομή που προέκυψαν δυσχεραίνουν περισσότερο παρά διευκολύνουν τις αναγκαίες σήμερα συγκλίσεις και συνέργειες ανάμεσα σε επιστημονικούς κλάδους και ειδικότητες ενώ πολλαπλασιάζουν την διοικητική πολυπλοκότητα χωρίς τους αναγκαίους πόρους.
Η ένταξη του προσωπικού των ΑΤΕΙ στα Πανεπιστήμια, όπου και όταν αποφασίζεται, πρέπει να βασίζεται σε ανοικτές κρίσεις ώστε να μην αποκλείονται νέοι πολύ αξιόλογοι επιστήμονες με εξαιρετικό δημοσιευμένο έργο σε σύγχρονους αναδυόμενους κλάδους της επιστήμης.
Το Πανεπιστήμιο Κρήτης έχει από την αρχή της λειτουργίας του ακολουθήσει ένα δρόμο ανοικτών διαδικασιών κρίσης που απευθύνεται στην διεθνή επιστημονική κοινότητα. Η πολιτική αυτή έχει αποδώσει και αποδίδει σημαντικούς καρπούς όπως σαφώς καταδεικνύεται από τις διεθνείς κατατάξεις και τις επιδόσεις του στην έρευνα και την καινοτομία. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης δεν θεωρεί ότι μπορεί να προσχωρήσει σε απλές συνενώσεις όπως αυτές δρομολογούνται σήμερα, χωρίς προηγούμενη μελέτη και απόφαση της οργάνωσης των Πανεπιστημίων που θα προκύψουν με αυστηρά ακαδημαϊκά κριτήρια.
Το ΠΚ ποτέ δεν αρνήθηκε την συνεργασία με άλλα ιδρύματα της Κρήτης, αντιθέτως έχει αναλάβει πρωτοβουλίες για την συνεργασία σε θέματα εκπαίδευσης και έρευνας σε θέματα κοινού ενδιαφέροντος και έχει συστήσει από διετίας και από κοινού την Επιτροπή Συνεργασίας Ακαδημαϊκών και Ερευνητικών Ιδρυμάτων Κρήτης (ΕΣΑΕΙ) για την προώθηση κοινών πρωτοβουλιών και συνεργειών όπου αυτές είναι εφικτές».
