Στο εσωτερικό του πρώτου ορόφου έγιναν αρκετές παρεμβάσεις, ενώ σε πολλά σημεία δόθηκε και χρώμα με αποτέλεσμα να γίνει ακόμη πιο εντυπωσιακό και να «δέσει» περισσότερο με τα αγάλματα της ελληνιστικής περιόδου, αλλά και τα άλλα ευρήματα που υπάρχουν στο μουσείο από ανασκαφές που έγιναν κυρίως στο χώρο της αγοράς και το δυτικό αρχαιολογικό χώρο.

Αξίζει να σημειωθεί ότι όσον αφορά το 2ο όροφο του Μουσείου, το κτίριο του οποίου χρονολογείται απο το 1935 και είναι από την εποχή της Ιταλοκρατίας δεν είναι ακόμη έτοιμο, υπολογίζεται οι εργασίες να ολοκληρωθούν τέλη Ιουλίου – αρχές Αυγούστου. Το μουσείο λειτουργεί καθημερινά από τις 07:00-20:30 με ελεύθερη είσοδο για ενήλικες και παιδιά.

Στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Κω βρίσκονται συγκεντρωμένα όλα τα ευρήματα που ήρθαν στο φως κατά τις ανασκαφές που διεξάγονται στο νησί από τις αρχές του αιώνα μέχρι σήμερα, κυρίως από τους αρχαιολογικούς χώρους της Αγοράς και το Δυτικό αρχαιολογικό χώρο, καθώς και από μεμονωμένα μνημεία, όπως το Βωμό του Διονύσου, το Ωδείο και τη Ρωμαϊκή Οικία (Casa Romana). Η έκθεση των γλυπτών που λειτουργεί σήμερα στο Μουσείο συγκεντρώνει έργα που χρονολογούνται από τα ελληνιστικά έως τα υστερορρωμαϊκά χρόνια και αποσκοπεί να παρουσιάσει στο ευρύτερο κοινό τα σημαντικότερα έργα της γλυπτικής που προέρχονται από την Κω.

Υπάρχει ένα ακόμη ψηφιδωτό, ελληνιστικής εποχής, με παράσταση θαλάσσιου βυθού, κοσμεί το βόρειο τοίχο του περιστυλίου και προέρχεται από την αναστηλωμένη Ρωμαϊκή Οικία (Casa Romana).