Σε δύο αυτόνομες υπηρεσίες, χωρίζεται το Σώμα Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος. Η μια θα υπάγεται στο γενικό γραμματέα δημοσίων εσόδων και θα έχει συναρμοδιότητά της τον έλεγχο όλων των φορολογικών και τελωνειακών υποθέσεων, καθώς και όλους τους ελέγχους στην αγορά, για την απόδοση ΦΠΑ και την έκδοση αποδείξεων.

Η δεύτερη υπηρεσία στην οποία θα παραμείνει ειδικός γραμματέας το ΣΔΟΕ, θα υπάγεται στον υφυπουργό Οικονομικών και θα ασχολείται με ειδικές υποθέσεις που αφορούν το οικονομικό έγκλημα, με την διαφθορά, τη διακίνηση και ξέπλυμα μαύρου χρήματος καθώς και τις μεγάλες υποθέσεις φοροδιαφυγής.