Οι αιτήσεις με τα δικαιολογητικά που τεκμηριώνουν τους επικαλούμενους λόγους για χορήγηση κατ΄ εξαίρεση μετεγγραφής/μετακίνησης, υποβάλλονται από τους φοιτητές αποκλειστικά ηλεκτρονικά στην ειδική εφαρμογή https://transfer.it.minedu.gov.gr (κατ΄ εξαίρεση μετεγγραφές) ή μέσω του αντίστοιχου υπερσυνδέσμου στην κεντρική ιστοσελίδα του Υπουργείου Παιδείας, Θρησκευμάτων & Αθλητισμού, χρησιμοποιώντας τα διαπιστευτήρια (username και password) που τους έχουν αποδοθεί για σύνδεση σε Ακαδημαϊκές Υπηρεσίες, οι οποίες χρησιμοποιούν την Υποδομή Ταυτοποίησης και Εξουσιοδότησης του ΕΔΥΤΕ  (πχ Ακαδημαϊκή Ταυτότητα, Εύδοξος κτλ).

Στην ειδική εφαρμογή των κατ’ εξαίρεση μετεγγραφών είναι διαθέσιμες οι οδηγίες χρήσης σχετικά με τη διαδικασία υποβολής της ηλεκτρονικής αίτησης και των σχετικών δικαιολογητικών που τεκμηριώνουν τις ιδιαίτερα σοβαρές και εξαιρετικές περιπτώσεις.