Αντισυνταγματική και αντίθετη στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου είναι, σύμφωνα με την Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας, η απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη με την οποία άλλαξε ο τρόπος διδασκαλίας των Θρησκευτικών στις τέσσερις τελευταίες τάξεις του Δημοτικού αλλά και του Γυμνάσιου.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας θεωρούν πως η επίμαχη υπουργική απόφαση κλονίζει τη θρησκευτική Χριστιανική συνείδηση και με την απόφαση τους την ακυρώνουν σε ότι αφορά το δημοτικό και το Γυμνάσιο καθώς για την διδασκαλία στο Λύκειο εκκρεμεί στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο άλλη προσφυγή.
Στο πολυσέλιδο σκεπτικό της απόφασης της η Ολομέλεια του ΣτΕ διαπιστώνει πως η απόφαση Φίλη είναι αντισυνταγματική ως προς το άρθρο του Συντάγματος που ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης. Και αυτό γιατί, όπως αναφέρουν οι δικαστές, με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης, δηλαδή της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών στα ανήκοντα στην επικρατούσα θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού».
Επιπλέον, οι σύμβουλοι Επικρατείας αποφαίνονται πως παραβιάζεται το άρθρο που κατοχυρώνει την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης καθώς η επίμαχη απόφαση, υπογραμμίζουν, θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης.
Η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση, αναφέρουν χαρακτηριστικά, κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος ενώ είναι ικανή να παρέμβει στον ευαίσθητο ψυχικό κόσμο των μαθητών που δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων και να τους εκτρέψει από την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση. Ακόμη επισημαίνουν πως προσβάλλεται η ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού.
Επίσης, οι Σύμβουλοι της Επικρατείας σημειώνουν ότι το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψεις ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς:
α) Δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και
β) Στη Γ΄ τάξη του Δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.
Στο ανώτατο δικαστήριο είχαν προσφύγει, η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελοπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς , καθώς και φορείς, ζητώντας την ακύρωση της υπουργικής απόφασης με την οποία, όπως έλεγαν, επέρχεται ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών.
