Ιερός αλλά και δικαστικός πόλεμος ξεσπά γύρω από το μάθημα των Θρησκευτικών, καθώς το Συμβούλιο της Επικρατείας καλείται να αποφανθεί εάν είναι σύμφωνος ή όχι με το Σύνταγμα και διεθνείς συνθήκες ο νέος τρόπος διδασκαλίας του, όπως καθορίστηκε τον περασμένο Σεπτέμβριο για το δημοτικό, το γυμνάσιο και το λύκειο, με αντίστοιχες υπουργικές αποφάσεις του τότε υπουργού Παιδείας, και Θρησκευμάτων Ν. Φίλη. Στο ΣτΕ προσέφυγαν 10 γονείς μαθητών από σχολεία της χώρας, θεολόγοι και η Πανελλήνια Ενωση Θεολόγων. Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι το μάθημα είχε χαρακτήρα ομολογιακό.

Ομως με το νέο πρόγραμμα σπουδών -τονίζουν- το μέχρι τώρα ομολογιακό μάθημα μετατρέπεται σε ιδιότυπη θρησκειολογία, όπου αναμειγνύονται η ορθόδοξη πίστη με τα υπόλοιπα δόγματα και θρησκεύματα, δημιουργώντας σύγχυση στους μαθητές, λόγω και του νεαρού της ηλικίας τους, ενώ ακυρώνεται ουσιαστικά το αναμφισβήτητο δικαίωμα των γονέων και των μαθητών για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης σύμφωνα με τις δικές τους θρησκευτικές πεποιθήσεις.

Σύμφωνα με την προσφυγή, το Σύνταγμα αξιώνει σεβασμό στην επικρατούσα θρησκεία συνυπολογίζοντας και τη θρησκευτική εκπαίδευση, ωστόσο το νέο πρόγραμμα σπουδών δεν δίνει επαρκή χώρο στη διδασκαλία της ορθόδοξης πίστης.